Si on prend l' Histoire des rois de Bretagne de Geoffrey de Monmouth,( rédigée entre 1135 et 1138), la paternité de Merlin est attribuée à des "démons incubes"( catégorie existante du temps d'Apulée écrivain latin,vers 125/170 et définie par lui). " Ils participent à la fois de la nature des anges et de celle des hommes. Ils prennent quand ils le veulent nature humaine et s'unissent à des femmes". Dans cette version, le roi consulte des "mages", ce qui, d'après les notes de la dame qui présente le texte, fait explicitement référence au paganisme celtique (druide) et non à la chrétienté, par opposition au terme de "clerc".
En revanche la version ultérieure de Robert de Boron (date apparemment incertaine entre la fin du 12ème siècle et le début du 13ème,semble t il vers 1200)fait intervenir des diables purs et durs désirant engendrer un antéchrist, et un prêtre témoin au procès de la mère de Merlin (son confesseur).
Il semble donc que la Christianisation de la paternité de Merlin, avec son explication purement diabolique date de Robert de Boron, qui semble connu pour avoir christianisé l'ensemble des légendes tournant autour du Graal ( ressource internet, pas de références plus précises)
Espérant avoir été de quelque utilité (mais je ne suis certainement pas spécialiste de littérature médiévale, s'il y en a un dans la salle... ;o) )