Tu as mentionné toi-même la principale raison pour laquelle les Hobbits n'étaient pas issus d'une union entre Humains et Nains : les Nains sont les Enfants d'Aulë, et non d'Ilúvatar. Leurs origines, donc leur nature, sont différentes.
Pour l'anecdote, on peut ajouter que les Femmes Naines (ça rappellera des souvenirs à quelqu'un ;-)) sont très rares, qu'elles restent cachées dans leurs demeures et qu'une personne d'une autre race ne peut les distinguer de leurs compagnons car elles sont barbues elles aussi. A la limite, donc, seuls des Nains auraient pu s'unir à des Humaines.
Mais Tolkien, dans sa lettre à Milton Waldman (Letter n° 131, p. 158 note de bas de page, que je paraphrase) désigne les Hobbits comme une branche de la race humaine. Il refuse explicitement qu'ils dérivent de la race des Elfes ou de celle des Nains. Si leur origine précise reste inconnue (même d'eux-mêmes), il est donc certain qu'ils ne viennent pas d'un croisement avec la race des Nains. Hobbits et Hommes sont deux sortes de la race humaine. Tolkien ajoute qu'à Bree ils se nomment le Petit Peuple et le Grand Peuple. Il poursuit en disant que les Hobbits étaient déjà petits à l'origine et que leur taille a en outre progressivement diminué au cours des années.
En bref, on ne sait pas pourquoi ils sont si petits, mais on est sûr qu'ils n'ont pas pour ancêtres les fruits d'unions entre Humains et Nains.