Melkor, Sauron et Saroumane sont mauvais parce qu'ils cherchent à dominer et à contrôler la volonté d'autrui. Tolkien a écrit quelque chose de très explicite à ce sujet dans une lettre. Il y dit que la motivation mauvaise par définition est l'envie de dominer les autres libres volontés (quelque chose comme ça)...
Si Eru laisse Melkor, Sauron ou Saroumane faire le mal, ce n'est pas par neutralité. C'est par respect de leur Libre Arbitre. Ce sont des créatures conscientes qui ont le choix de leurs actes. Ce choix leur appartient en propre. Eru se contente de "prendre acte" de leur choix, et éventuellement, de veiller à ce qu'ils en assument toutes les conséquences. Empêcher Melkor, Sauron ou Saroumane de faire le mal reviendrait à les obliger à faire le bien, en dépit de leur propre volonté... Ce qui est Mal par définition.
On retrouve là la raison pour laquelle Gandalf (ou Galadriel) refuse l'Anneau. Ses motivations sont bonnes; mais avec l'Anneau, il obligerait les gens à faire le Bien, au mépris de leur Libre Arbitre. Ainsi, il ferait le Mal alors qu'il voudrait faire le Bien. Encore une fois, je crois me souvenir que Tolkien explique ça dans une lettre...
Notez que cette notion n'est pas étrangère au monde réel. Dans la tradition judéo-chrétienne, Dieu montre l'Arbre de la Connaissance à Adam et lui explique que ses fruits ne sont pas pour lui. Mais il laisse Adam y goûter. Parce que Adam a choisi de le faire, même en sachant que c'était interdit. Dieu n'intervient pas pour empêcher Adam d'user de son Libre Arbitre. Mais il intervient plus tard en mettant Adam face à ses responsabilités : Puisqu'il n'accepte plus les lois du Paradis, il en est chassé...
D'une certaine manière, c'est ce qui arrive à Melkor, Sauron et Saroumane. Eru a créé (id. donné réalité à) Arda. M, S et S s'incarnent dans cette Création et tentent d'en violer les lois pour les tourner à leur avantage... A la fin, ils sont exilés d'Arda.
Revenons-en à la notion de "contrôle". Je crois que les textes cités plus haut ne signifient pas que Eru contrôle plus ou moins tous les êtres qu'il a créés (c'est de la vile propagande, ça, Melkor ! ;o)). Ils expliquent plutôt que Eru est la source de la Création (il est le seul possesseur de la Flamme Éternelle qui rend réelle la Musique et les "visions" des Ainur), c'est à dire de toute chose réelle. De fait, nul ne peut faire quoique ce soit sans son aval. Il explique donc à Melkor qu'il connaît le choix qu'il est en train de faire, et qu'il le laisse faire ce choix. Mais que ce choix aura des conséquences qu'il n'a peut-être pas mesurées...
Et si Eru laisse Melkor faire ce choix, ce n'est pas par Malignité ou par Neutralité, mais par respect du Libre Arbitre (voir plus haut)... Eru posséde en théorie un pouvoir absolu sur l'ensemble de sa Création. Dans la pratique, il l'utilise rarement sur les créatures douées de conscience (de Libre Arbitre). Car ce serait nier leur nature profonde qui les différencie des objets...
En caricaturant, on pourrait dire des exemples Eru/Melkor et Gandalf/Anneau que l'on peut Bien agir en laissant faire le Mal (respect du Libre Arbitre), de même que l'on peut faire le Mal en voulant faire le Bien (Gandalf utilisant l'Anneau Unique).