A priori, gwathuirim se décompose plutôt en *gwathui + rim, où le premier terme serait un adjectif dérivé de gwath "ombre (shadow)". Donc quelque chose comme "Le peuple sombre, le peuple d'ombre" -- i.e. plus ou moins le même sens que le dunn- (dark) dans Dunlendings, en référence leur teint de peau et/ou leurs cheveux (par opposition aux Rohanais).
Donc aucune référence aux loups-garous ici, en principe.
Par contre les gaurhoth dans l'incantation de Gandalf à l'approche de la Moria semblent bien être des "werewolves". On a aussi l'entrée gaur "werewolf" dans les Etymologies, et le surnom que donne Túrin à son groupe de rénégat, Gaurwaith, les Hommes-Loups. Où se trouvent les garous / lycanthrope là dedans, c'est une très bonne question!
Pour mémo, werewolf vien de l'AS. werwulf, où wer "homme", wulf "loup".
Didier.